针对您与公司约定公司在2月10号末为劳动者提交补缴社保资料需支付违约金5万的情况，我们来看看相关法律依据。
法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第二十二条。该条规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。”

在您的问题中，约定的是“公司在2月10号末为劳动者提交补缴社保资料，需支付违约金5万”。此约定的违约金并非针对劳动者违反服务期，而是针对公司未按时提交补缴社保资料。该条款不符合《劳动合同法》第二十二条关于违约金适用情形的规定，因为该条仅允许在用人单位提供专项培训费用并约定服务期，劳动者违反服务期约定时，方可约定违约金。因此，该违约金约定缺乏合法依据，应属无效。
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在处理与公司约定公司在2月10号末为劳动者提交补缴社保资料需支付违约金5万的问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。
1. 公司已为劳动者提供专项培训并约定服务期：如果公司确实为劳动者提供了专项培训费用，并与劳动者约定了服务期，而“提交补缴社保资料”是服务期内的一项附随义务，劳动者违反该附随义务导致服务期无法履行，此时公司依据《劳动合同法》第二十二条约定违约金，可能会被认定为有效。但违约金数额仍不得超过培训费用及尚未履行部分分摊的费用，5万违约金需与培训费用对比判断是否过高。
2. 双方约定的是公司逾期提交资料需向劳动者支付违约金：如果原约定是公司若未在2月10号末提交补缴社保资料，需向劳动者支付5万违约金，这属于公司对自身义务的承诺。此时，该约定不违反法律强制性规定，劳动者在公司违约时可依据约定主张违约金。这与劳动者向公司支付违约金的情形完全不同，处理方式和法律依据也会相应变化。
3. 社保补缴因政策原因客观无法按时提交：若公司未能在2月10号末提交补缴社保资料是由于社保经办机构的系统故障、政策调整等不可抗力或客观原因导致，而非公司主观故意或过失，公司可能可以此为由主张免除或减轻责任，此时关于违约金的承担可能需要重新协商或根据公平原则调整。

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